В 1555 году к месту, где сейчас расположен Чебоксарский Спасо-Преображенский женский монастырь, причалил архиепископ Гурий, направленный царем Иваном IV Грозным в присоединенные к Московскому государству земли Казанского ханства. Церковный историк А. Можаровский писал, что «для одержания окончательной победы над Казанью надлежало русским победить иноверцев, инородцев Казанского края, еще нравственно – мечом духовным, иже есть глагол Божий, победить верою, христианским православием». Таковую задачу и поставили перед архиепископом Гурием.
Место встречи знаменитой иконы было названо Владимирской горкой. В честь встречи городской святыни, по указумитропалита Тихона,  в 1716г. была основана Сретенская мужская пустынь с храмом, посвященным иконе Владимирской Божией Матери.

Начало этой обители положили монах Иов, называемый в документах строителем, и 17 монахов, среди которых упоминаются также имена иеромо­наха Иоила и иеродиакона Иакова.

В 1725 г. Сретенская Владимирская пустынь была присоединена к Троицкому мужскому монастырю. Со временем пустынь стала приходить в упадок и требовала значительного ремонта. Доход же Троицкому монастырю она доставляла весьма незначительный и была отчислена от Чебоксарского Троицкого монастыря. Владимирская пустынь оставалась приходской церковью.

Инициатором создания обители для женщин была игуменья Козмодемьянского женского монастыря Варвара, бывшей первой игуменией Пюхтицкого Свято-Успенского женского монастыря, прибывшая в Казан­ский край из Рижской епархии. В пользу новой общины она передала 24 десятины земли, принад­лежавших ее монастырю и находившихся в 12 вер­стах от Владимирской горки.

Указом Святейшего Правительствующего Синода от 20 мая 1899г. было определено: «Упраздненную Владимирскую мужскую пустынь, Чебоксарского уезда, обратить в женскую того же наименования чувашскую общину, с таким числом сестер, какое община будет в состоянии содержать на свои средства, с причислением её к Козьмодемьянскому женскому монастырю».

По получении этого указа Высокопреосвященнейший Арсений сделал распоряжение, чтобы настоятельница Козьмодемьянского женского монастыря позаботилась о приспособлении Владимирской Чебоксарской пустыни к открытию в ней женской общины. В начале сентября работы к открытию женской общины были закончены.

Главный придел был назван в честь Владимирской Божией Матери, правый - в честь преп. Арсения Великого. Левый придел был освящен в 1862г. уже Высокопреосвященнейшим Афанасием, Архиепископом Казанским  во имя Сретения Господня. Заведовала общиной монахиня Арсения. При общине в 1900г. открылась церковно-приходская школа для девочек-сирот.

Живое участие и поддержку в становлении жизни новой общины принимал архи­епископ Казанский и Свияжский Арсений. Не слу­чайно вновь восстановленный престол был освящен во имя Владимирской Божьей Матери и преподоб­ного Арсения Великого. Таким образом, покрови­телем обители стал не только пользовавшийся в епархии чрезвычайным уважением архипастырь, но и небесный святой.

Особую роль в обустройстве общины сы­грал один из богатейших чебоксарских купцов А.П Ас­траханцев. Он не только выделил необходимые сред­ства на возведение новых и ремонт старых построек, но и лично наблюдал за ходом строительства. Во многом благодаря именно его усилиям, все необходи­мые работы по приспособлению бывшей пустыни к открытию женской общины были произведены в течение всего одного года.

К 1914г. в общине кроме трехпрестольного храма имелся деревянный больничный храм в больничном корпусе.

До 1917 г. здесь были построены несколько деревянных корпусов для монашествующих, а также различные хозяйственные постройки: просфорная, снабжавшая почти все городские церкви просфорами, живописная и чеканная, золотошвейная, где монахини шили церковные облачения. Были построены баня, скотный двор. При общине была устроена новая школа со спе­циальной квартирой для учительницы. Ниже холма, близ реки был выкопан пруд для разведения рыбы, а на месте старых берез и ив в 1905 г. разбит плодовый сад. Примечательно, что лучшие городские сады бо­гатейших горожан Астраханцева, Ефремова, Кушева, Эннатского вместе взятые, не могли сравниться ни по площади, ни по количеству фруктовых деревьев с садом общины. На участке земли в 1 десятину 450 кв. са­женей произрастало 250 фруктовых деревьев, среди которых особое место занимали анис, антоновка, боровинка скороспелка и др. Интересно, что некоторые сорта плодовых деревьев ни у кого в Чебоксарах больше не выращивались.

В1924 Владимирская женская община получила статус самостоятельного женского монастыря. Викарий Казанской епархии епископ Чебоксарский Афанасий назначает настоятельницей и возводит в сан игумении монахиню Тамару (Сатси). За время существования общины в ней проживало более ста сестер.

Еще одной примечательной особенностью Владимирской горки, явля­лся некрополь, самый древний из имеющихся ныне на территории города. К сожалению сведений о пер­вых захоронениях на этом месте не сохранилось. Известно лишь, что уже в 70-х годах XVIII столе­тия была предпринята попытка закрыть расположен­ное здесь кладбище, правда с оговоркой “погребение в означенной Владимирской пустыни мертвых чело­веческих тел допускать... только по знатности лиц, от которых может происходить вклад”. Уже в те далекие времена это место захоронения считалось почетным. Позволить себе заполучить здесь земель­ный участок могли лишь состоятельные граждане Чебоксар.

С  именем одного из таких богатейших людей города - Прокопия Ефремовича Ефремова связано строительство на Владимирской горке уникального в своем роде архитектурного памятника - семейного храма-усыпальницы, в котором и нашли в начале 1900-х гг. покой сам Ефремов и его жена Екатерина Васильевна.

С 1920г. декреты Советской власти лишали Церковь всего имущества. Под давлением представителей Советской власти Чебоксарский женский монастырь существовал как религиозная община до января 1930г. Тогда был закрыт последний храм монастыря и отобраны все помещения.

В годы Великой Отечественной войны здесь разме­щалась авторемонтная мастерская. В послевоенное время в здании Владимирской церкви находилось архивохранилище, в котором были сосредоточены фонды учреждений советского периода. Затем оно использовалось под складские помещения.

После закрытия общины игумения Тамара с оставшимися сестрами поселилась недалеко от их бывшего монастыря у благочестивых верующих. В июне 1941г. игумения Тамара была арестована сотрудниками НКВД. Обвинение в шпионаже и антисоветской агитации игумения Тамара отвергала и виновной себя не признала. 31 июля состоялось судебное заседание. Суд приговорил игумению Тамару  к 10 годам лишения свободы.

Игумения Тамара была этапирована в исправительно-трудовую колонию №1 Наркомата Юстиции, находящуюся неподалеку от  города Алатырь Чувашской АССР. Заключенные занимались лесоразработками. Игумения Тамара пережила суровую зиму 1941-42-х годов, когда в период начавшейся войны с Германией в колонии наблюдалась массовая смертность заключенных, от голода и болезней. 1 Мая 1942 года, как гласит запись в акте о смерти, игумения Тамара скончалась от порока сердца и была погребена в безвестной могиле.

На заседании Священного Синода под председательством Святейшего Патриарха Алексия II 12 октября 2007 года игумения Тамара (Сатси) причислена к собору Новомучеников и исповедников Российских.

Русская православная церковь прошла нелегкий путь разорения и гонений.

 С 1989г., когда был принят закон о свободе совести, началось возрождение церковной жизни: открытие храмов, возобновление монастырской жизни. В 1989г. Протоиерей Григорий начал хлопотать о возрождении  на «Владимирской горке» женского монастыря, В 1990г. Высокопреосвященнейший Архиепископ Чебоксарский и Чувашский Варнава благословил восстановить женский монастырь.

В июле 1991г. из Спасо-Преображенской пустыни, что под Ригой, по запросу и благословению Архиепископа Варнавы прибыла старшая сестра монахиня Сергия. 21 сентября в праздник Рождества Пресвятой Богородицы  на основании постановления Священного Синода состоялось торжественное открытие монастыря.  Архиепископом Чебоксарским и Чувашским Варнавой монахиня Сергия была возведена в сан игумении. Обитель получила название «Спасо-Преображенский женский монастырь».